Le réseau Natura 2000 dans le Gers se compose de 6 sites relevant de la Directive "Habitats" :
- La Vallée de l’Adour (commun avec les Hautes-Pyrénées)
- La Gélise (commun avec le Lot-et-Garonne et les Landes)
- Le Réseau hydrographique du Midou et du Ludon (commun avec les Landes)
